ZRANKを動かす

PDB toolbox

関連: ZDOCKを動かす

• 使い方

  $ zrank zdockoutfile startidx endidx
  

  • startidx, endidxにリランキングしたいdecoyの順位の範囲を入力．（例 startidx=1, endidx=2000）

    $ zrank 1CGI.out 1 2000
    

  • outファイル中に書いてあるPDBが存在しかつ水素付きであること．

  • 出力は指定したoutファイルの名前に.zr.outがくっついた名前のファイル． 中身は

    順位\tエネルギースコア
    

    の羅列

• Ref: Pierce, B., & Weng, Z. (2007). ZRANK: reranking protein docking predictions with an optimized energy function. Proteins, 67(4), 1078-86. doi:10.1002/prot.21373