PDBをchainで分割する

名前通りのスクリプト．

PDBの中のチェインをすべて取り出す

separate_single.py

#!/usr/bin/python
#last updated : 2014/10/21

import re
import sys 

if (len(sys.argv) != 2):
    print 'Usage: # python %s pdbfile' % sys.argv[0]
    quit()

id = sys.argv[1][0:4]
fp = open(sys.argv[1])
pdb = fp.read()
fp.close()

pdb = pdb.rstrip("\n")
pdb = pdb.split("\n")

cl = []

for l in pdb:
    if l[0:6] == 'COMPND' and l[11:17] == 'CHAIN:':
        cl.append(l[18])

for c in cl:
    fc = open(id + "_" + c + ".pdb", "w")
    for ll in pdb:
        l = ll
        if l[0:4] != 'ATOM' and l[0:6] != 'HETATM':
            continue
        if l[17:20] == 'HOH':
            continue
        if l[16] != ' ' and l[16] != 'A':
            continue
        if l[21] == c:
            fc.write(ll + "\n") 

    fc.write("TER\n")
    fc.write("END")
    fc.close()

つかいかた

$ python separate_single.py 1CGI.pdb

とすると，チェインごとのファイル（1CGI_I.pdb, 1CGI_E.pdb）が生成されます．

複数ファイルを扱うバージョン

separate.py

#!/usr/bin/python
# Masahito Ohue 

import re
import sys

if (len(sys.argv) != 2):
    print 'Usage: # python %s listfile' % sys.argv[0]
    quit()

fp = open(sys.argv[1])
lst = fp.readlines()
fp.close()

for ll in lst:
    l = ll
    id = l.split(",")[0]
    cs = l.split(",")[1].strip()
    cl = list(cs)

    try:
        fp = open(id + ".pdb")
    except IOError:
        print 'not found, PDB ID =', id, ", Chain", cs
    else:
        print 'open, PDB ID =', id, ', Chain =', cs
        pdb = fp.read()
        fp.close() 

        fc = open(id + "_" + cs + ".pdb", "w")
        pdb = pdb.rstrip("\n")
        pdb = pdb.split("\n")
        for c in cl:
            for lll in pdb:
                l = lll
                if l[0:4] != 'ATOM' and l[0:6] != 'HETATM':
                    continue
                if l[17:20] == 'HOH':
                    continue
                if l[16] != ' ' and l[16] != 'A':
                    continue
                if l[21] == c:
                    fc.write(lll + "\n")  

            fc.write("TER\n") 
        fc.write("END")
        fc.close()

こんなリストファイルを用意する．

list.txt
```
3WVL, A
3WVL, O
3WVL, ABCOPQ
2ZYQ, B
```
- PDB 3WVL
- PDB 2ZYQ

3WVL.pdbと2ZYQ.pdbがある場所で，以下を実行．

$ python separate.py list.txt
open, PDB ID = 3WVL , Chain = A
open, PDB ID = 3WVL , Chain = O
open, PDB ID = 3WVL , Chain = ABCOPQ
open, PDB ID = 2ZYQ , Chain = B

すると

3WVL_A.pdb 3WVL_O.pdb 3WVL_ABCOPQ.pdb 2ZYQ_B.pdb

ができている．

注意

ATOM行とHETATM行だけ見ます．
水(HOH)は省きます．省きたくない場合は該当のif文をコメントアウト．
残基名の前にAとかBとかあるやつ（同一残基が複数の座標に存在する可能性を持つもの）は，Aだけ抜き出します．