BioPython

PDB toolbox

TSUBAMEにはnumpyが入っているので，そのままインストールできる．

python setup.py build
python setup.py test
python setup.py install --exec-prefix /AS/YOU/LIKE

• パスを通す

  （例）
  export PYTHONPATH=/home/usr5/A2600088/src/biopython/lib64/python2.6/site-packages:$PYTHONPATH
  

マニュアル

チュートリアル

• http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.pdf

その他

• http://biopython.org/DIST/docs/cookbook/biopdb_faq.pdf
• http://biopython.org/wiki/The_Biopython_Structural_Bioinformatics_FAQ
• http://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp/~tak/biopython.html

PDBの操作例

import Bio
from Bio.PDB import *

parser = PDBParser()
str = parser.get_structure("hoge", nantoka.pdb)

for model in str.get.list():
   for chain in model.get_list():
      for residue in chain.get_list():
         residue.get_resname()
         for atom in residue.get_list():
            atom.get_name()

原子間距離

atomオブジェクトの変数a1とa2に対し，

d = a1 - a2

で距離d[Å]が得られる．